2001年，為配套廈門經濟特區(qū)建設，著力打造廈門市優(yōu)勢醫(yī)療品牌學科，廈門市委市政府會同海外華僑及國際知名學者，成立廈門市心臟中心。
2011年，作為公立醫(yī)院改革試點，相對獨立，成為全國公立醫(yī)院中首家人事、財務獨立運作管理的醫(yī)學中心。
2014年，市委市政府正式決定中心全面獨立，在五緣灣畔建設新址。
2015年，更名為“廈門市心血管病醫(yī)院”，是目前福建省**的公立三級心血管病專科醫(yī)院。
2016年，正式更名為“廈門大學附屬心血管病醫(yī)院”，“廈門市心臟中心”為第二名稱。
2019年上半年，全院將整體搬遷至五緣灣新址，規(guī)劃床位600張，將建設成為華東地區(qū)規(guī)模**的心血管病?？漆t(yī)院。
短短十余年來，醫(yī)院作為市委市政府全力打造的優(yōu)質醫(yī)療品牌和廈門市重點民生保障項目，以獨有的“廈門速度”贏得多方贊譽，業(yè)已成為海峽西岸最具影響力的復雜、危重心血管疾病診治機構，為全省**的心血管內科國家臨床重點?？?，是國家首批心血管病?？漆t(yī)師規(guī)范化培訓基地、衛(wèi)生部首批心血管病介入診療培訓基地、美國心臟學會專業(yè)示范中心、國家胸痛中心四家區(qū)域認證中心之一、國家博士后科研工作站、省市院士專家工作站，獲中國醫(yī)師獎、福建省科技進步一等獎、廈門市科技重大貢獻獎、最有人情味的醫(yī)院等多項榮譽……
醫(yī)院力求技術卓越，精于品質提升，成立以來引領區(qū)域心血管專業(yè)技術創(chuàng)新，先后開展多項填補福建省、廈門市乃至全國、亞太地區(qū)空白的新技術、新方法，包括歐洲以外地區(qū)首例微創(chuàng)心室折疊減容術、全國首例可吸收支架植入術、福建省首例頸動脈保護傘下支架植入術、福建省首例經導管主動脈瓣置換術（簡稱TAVI手術）、福建省首例經皮室壁瘤降落傘封堵術、福建省首例瓣膜置換術中房顫微波消融、閩西南首例左心耳封堵術等。
敬畏生命，構筑高效救心網絡。2003年醫(yī)院在福建省率先開通胸痛綠色通道，全天候24小時開展急診冠狀動脈開通的微創(chuàng)介入治療。2013年成立胸痛中心，啟動“全市覆蓋區(qū)域協同胸痛急救網絡”，運行多年來已通過及時介入手術挽救了千余名急性心梗危重患者，服務近萬名胸痛患者。全國人大副委員長陳竺肯定該網絡為“廈門模式”，其成功運行使廈門成為全國區(qū)域協同胸痛急救的典范和樣板城市。醫(yī)院先后通過中國和美國胸痛中心協會的國內、國際雙認證，并獲批成為全國四家中國胸痛中心區(qū)域認證中心之一，承擔華東區(qū)域胸痛中心建設的培訓、推進和認證重任，在心肌梗死急救領域處于國內領先地位，榮獲“2016年胸痛中心建設杰出貢獻獎”。
科教并舉，培養(yǎng)國際化的人才隊伍。醫(yī)院擁有國家博士后科研工作站、廈門大學醫(yī)學院心血管病研究所、省市院士專家工作站等優(yōu)勢平臺，為提升核心學科競爭力提供了強有力的科研支持，2016年，心內科獲批廈門市醫(yī)學領先學科。繼獲福建省**心血管病領域的國家自然科學基金面上項目后，于2016年獲國家自然科學基金—促進海峽兩岸科技合作基金項目資助，實現我省心血管病研究領域在該聯合基金重點項目申報上零的突破。多年來醫(yī)院與德國、美國、意大利、加拿大、澳大利亞、新加坡等地的多家世界**心血管醫(yī)療機構建立了技術指導合作關系，每年選派**醫(yī)護人員前往學習交流。同時加大人才培養(yǎng)力度，成為廈門大學醫(yī)學院模塊化教學改革的試點單位，通過筑巢引鳳，打造人才沃土，構筑心血管領域人才高地。
注重人文關懷，全力打造有溫度的醫(yī)院。全院推行醫(yī)學人文建設，通過系列舉措，醫(yī)患關系、護患關系更加和諧，構建起**醫(yī)療技術與人文關懷并重的優(yōu)質服務新局面。醫(yī)院熱心公益，十余年愛心接力，積極開辟救助渠道，籌措救助基金，為貧困先心患兒減免醫(yī)療費用，為突發(fā)心肌梗死貧困患者提供免費醫(yī)治，使眾多瀕臨絕境的家庭重獲新生。
海闊憑魚躍，天高任鳥飛。展望未來，一所建筑面積8.6萬平方米，規(guī)劃床位600張的新院區(qū)正在廈門五緣灣畔崛起，全體“廈心人”將在更廣闊的舞臺上，齊心協力朝著將醫(yī)院建成“海西一流、國內先進、與國際接軌”的國家重點大學研究型附屬醫(yī)院拼搏奮進。
